제39조(배출허용기준을 초과한 사업자에 대한 개선명령) 환경부장관은 제37조제1항에 따른 신고를 한 후 조업 중인 배출시설(폐수무방류배출시설은 제외한다)에서 배출되는 수질오염물질의 정도가 제32조에 따른 배출허용기준을 초과한다고 인정할 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 기간을 정하여 사업자(제35조제5항에 따른 공동방지시설 운영기구의 대표자를 포함한다)에게 그 수질오염물질의 정도가 배출허용기준 이하로 내려가도록 필요한 조치를 할 것(이하 "개선명령"이라 한다)을 명할 수 있다.

가. 배출시설(폐수무방류배출시설은 제외한다)에서 배출되는 폐수 중 수질오염물질이 제32조에 따른 배출허용기준 이하로 배출되나 방류수 수질기준을 초과하는 경우

나. 공공폐수처리시설 또는 공공하수처리시설에서 배출되는 폐수 중 수질오염물질이 방류수 수질기준을 초과하는 경우

2. 초과배출부과금

가. 수질오염물질이 제32조에 따른 배출허용기준을 초과하여 배출되는 경우

나. 수질오염물질이 공공수역에 배출되는 경우(폐수무방류배출시설로 한정한다)

② 제1항에 따라 배출부과금을 부과할 때에는 다음 각 호의 사항을 고려하여야 한다.

1. 제32조에 따른 배출허용기준 초과 여부

2. 배출되는 수질오염물질의 종류

3. 수질오염물질의 배출기간

4. 수질오염물질의 배출량

5. 제46조에 따른 자가측정 여부

6. 그 밖에 수질환경의 오염 또는 개선과 관련되는 사항으로서 환경부령으로 정하는 사항

③ 제1항의 배출부과금은 방류수 수질기준 이하로 배출하는 사업자(폐수무방류배출시설을 운영하는 사업자는 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대해서는 부과하지 아니하며, 대통령령으로 정하는 양 이하의 수질오염물질을 배출하는 사업자 및 다른 법률에 따라 수질오염물질의 처리비용을 부담한 사업자에 대해서는 배출부과금을 감면할 수 있다. 이 경우 다른 법률에 따라 처리비용을 부담한 사업자에 대한 배출부과금의 감면은 그 부담한 처리비용의 금액 이내로 한정한다.

④ 환경부장관은 제1항에 따라 배출부과금을 내야 할 자가 정하여진 기한까지 내지 아니하면 가산금을 징수한다.

⑤ 제4항에 따른 가산금에 대해서는 「국세기본법」 제47조의4를 준용한다.

⑥ 제1항에 따른 배출부과금과 제4항에 따른 가산금은 「환경정책기본법」에 따른 환경개선특별회계의 세입으로 한다.

⑦ 환경부장관은 제74조에 따라 시·도지사에게 그 관할구역의 배출부과금 또는 가산금의 징수에 관한 권한을 위임한 경우에는 징수된 배출부과금과 가산금 중 일부를 대통령령으로 정하는 바에 따라 징수비용으로 지급할 수 있다.

⑧ 환경부장관 또는 제7항에 따른 시·도지사는 배출부과금이나 가산금을 내야 할 자가 정하여진 기한까지 내지 아니하면 국세 또는 지방세 체납처분의 예에 따라 징수한다.